Metode penelitian elektroforesi

Metode penelitian elektroforesis yang lainnya umumnya untuk mendeteksi DNA seperti analisa sidikjari (fingerprinting) yaitu ISSR atau mikrosatelit, RAPD, RFLP dan AFLP. Namun untuk mendeteksi adanya pita DNA musti mengikatkan DNA ikatan tunggal dengan sejumlah primer (umumnya 20 basa nukleotid ??emancing??pasangan basa sampel penelitian; biasanya perusahaan bahan genetik menerima pesanan primer ini). Primer tersebut belum tentu dapat sesuai dengan sampel tumbuhan yang diteliti sehingga perlu adanya coba-coba (trial by error) yang tentunya memakan biaya dan waktu. Akhir-akhir ini yang sering dipakai yaitu ISSR/mikrosatelit dan AFLP, karena hasil dan analisa polimorfisnya (pita DNA) jelas (Tabel). Selain itu suhu dalam PCR pada saat proses pengikatan (ada 3 tahap yaitu pemecahan, pengikatan dan pemanjangan) harus sesuai. Selanjutnya dirunning pada gel agaros (elektroforesis mini kapasitas 25 sampel pada 100 volt) selama 20-40 menit. Untuk mengetahui pita genetiknya sebelum difoto dengan alat fotografi UV (ultra violet) maka gel harus direndam terlebih dahulu pada isotop ethidium bromide (EtBr). Umumnya penggunaan metode ini untuk mengetahui adanya penyimpangan genetik, hubungan dekat secara genetik, ataupun variasi genetik yang ada. Memang hampir mirip dengan penelitian enzim hanya disini untuk setiap populasi biasanya 2-5 sampel saja.